Здравствуйте, Татьяна.
Вы указали в договоре купли-продажи площадь участка в соответствии с правоустанавливающими документами или в соответствии со сведениями из ЕГРН?
В договоре нужно указывать площадь так, как она указана в ЕГРН, поскольку сведения из ЕГРН имеют приоритет над иными сведениями и считаются достоверными:
Ст.1 Федерального закона от 13.07.2015 N 218-ФЗ «О государственной регистрации недвижимости»
Единый государственный реестр недвижимости является сводом достоверных систематизированных сведений об учтенном в соответствии с настоящим Федеральным законом недвижимом имуществе, о зарегистрированных правах на такое недвижимое имущество, основаниях их возникновения, правообладателях, а также иных установленных в соответствии с настоящим Федеральным законом сведений.
Поэтому, если у Вас площадь в договоре не соответствует площади из ЕГРН, то нужно представить регистратору исправленный договор купли-продажи, в котором указана верная площадь.
Но для точного ответа нужно видеть отказ Росреестра, на что он ссылается.
С уважением, Роман.