Имеет ли право заведующая выкидывать просроченный товар за счёт продавцов?

Здравствуйте. 

Не имеет право, поскольку наличие просроченного товара не является основанием для удержания из заработной платы работника. 

Вы можете написать жалобу в инспекцию труда или прокуратуру и привлечь работодателя к ответственности по ст. 5.27 КоАП:

6. Невыплата или неполная выплата в установленный срок заработной платы, других выплат, осуществляемых в рамках трудовых отношений, если эти действия не содержат уголовно наказуемого деяния, либо воспрепятствование работодателем осуществлению работником права на замену кредитной организации, в которую должна быть переведена заработная плата, либо установление заработной платы в размере менее размера, предусмотренного трудовым законодательством, 

влечет предупреждение или наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от десяти тысяч до двадцати тысяч рублей; на лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, — от одной тысячи до пяти тысяч рублей; на юридических лиц — от тридцати тысяч до пятидесяти тысяч рублей.