Какими документами правильно можно оформить данную сделку и не посчитает ли налоговая данный ход как

Валентина, добрый день!
По закону каждый вправе распоряжаться своим имуществом по своему усмотрению (ст. 209 Гражданского кодекса). Соответственно, можно, в том числе, сдать его в аренду любому юридическому лицу, никакого криминала здесь нет.
Что касается взаимозависимости, то сомнений в том, что эту зависимость увидит налоговая, нет никаких — это очень легко узнать. Но Гражданский кодекс не запрещает как таковые сделки между взаимозависимыми лицами (ст. 53.2).
Таким образом, закон не запрещает совершить такую сделку, если, конечно, имущество реально принадлежит именно директору, а не внесено, например, в уставный капитал ООО.
На практике такую сделку могут оспорить не налоговые органы, а учредители ООО (если есть другие владельцы, кроме самого гендиректора) или кредиторы при банкротстве. Они могут подумать, что так выводятся активы компании. В последнее время наметилась тенденция, когда и уголовные дела возбуждают по подобного рода основаниям. Для защиты от таких претензий нужно доказать экономическую обоснованность сделки, например, что арендовать объект у гендиректора дешевле, чем «на стороне», а сама станция необходима для функционирования ООО.
Оформить сделку стоит обычным договором аренды, платежи по договору — актами, счетами. Как любую иную сделку.
Более предметно обсудить возможные риски и непосредственно документы можем в чате. Такие услуги оказываются на платной основе.