Добрый день, Юлия.
Вы можете подать протокол разногласий, но заказчик всего скорее вам откажет. Это не юридический ответ, а из практики. Я кроме юридической практики последние 4 года проработал также как специалист по закупкам. Из 80 выигранных мной закупок было подано 25 протоколов разногласий, ни по одному не было исключение штрафов.
Вам необходимо проверить содержание штрафов на соответствие их размерам, т.к. по разным закупкам устанавливают разные суммы штрафов. Это требование ст. 34 Федерального закона 44-ФЗ (советую вам внимательно её изучить).
Суммы указаны в Постановлении Правительства РФ от 30.08.2017 N 1042 «Об утверждении Правил определения размера штрафа, начисляемого в случае ненадлежащего исполнения заказчиком, неисполнения или ненадлежащего исполнения поставщиком (подрядчиком, исполнителем) обязательств, предусмотренных контрактом (за исключением просрочки исполнения обязательств заказчиком, поставщиком...».
Возможно в вашем случае штрафы либо завышенные, либо заниженные.
По остальным желаемым вами условиям вы тоже можете подать протокол разногласий, на некоторые ваши условия заказчик может пойти вам навстречу, но не обязан. Он может отклонить все ваши предложения.
В любом случае протокол разногласий вы можете подать только один раз. Соответственно, все вопросы укажите сразу в едином документе.
Рекомендую вам проверить весь текст контракта, т.к. очень часто (из-за высокой нагрузки) контрактный управляющий делает ошибки в сроках, датах, реквизитах счетов, адресах.
Удачи вам в подписании и исполнении контракта.