В письме от 13.12.2005 №ШТ-6-07/1045, налоговое ведомство указывало на то, что документами, подтверждающими оплату уставного капитала, могут быть:
справка банка, подтверждающая зачисление на расчетный счет денег в оплату уставного капитала, подписанная руководителем и главным бухгалтером банка, а также копии первичных платежных документов(при оплате денежными средствами). При оплате уставного капитала не денежными средствами — копия документа, подтверждающего право собственности участника на имущество, с приложением отчета об оценке объектов и акта приема-передачи имущества.
В случае если уставный капитал был сформировании на 50%, тогда после государственной регистрации юридического лица подтверждением внесения остатка суммы — копии приходных кассовых ордеров, подтверждающие внесение в кассу юридического лица оставшейся части денег в счет оплаты уставного капитала, заверенные исполнительным органом юридического лица.
В выписке ЕГРЮЛ Вам также необходимо проверить в отношении чего внесена запись о недостоверности сведений, ее нужно снять, чтобы ООО не исключили из ЕГРЮЛ.