Здравствуйте, Екатерина.
1. Поскольку дети владели своими долями менее минимального срока владения, то их доходы подлежат налогооблажению в силу п.1 ст.210 НК РФ.
2. Согласно п.3 ст.210 НК РФ дети вправе уменьшить налоговую базу на сумму вычетов, предусмотренных ст.ст.218-221 НК РФ.
Применительно к описанному Вами:
а) налоговая база каждого из детей при исчислении налогаравна цене договора купли-продажи долей, но не менее кадастровой стоимости, умноженной на коэффициент 0,7 (п.2 ст.214.10 НК РФ), она подлежит уменьшению на размер налогового вычета в соответствии с пп.1 п.2 ст.220 НК РФ (1 млн рублей) пропорционально принадлежащим детям долям.
б). кроме того, на основании пп.3 п.1 ст.220 НК РФ дети вправе уменьшить налоговую базу доходов от продажи на сумму расходов, произведенных на приобретение иных жилых помещений (долей в них), если право собственности на другое жилье возникло в этом же налоговом периоде.