Алексей, здравствуйте.
Полагаю, что вы можете сдавать свои квартиры по договору в управление ООО.
Правовое основание для этого — нормы Гражданского кодекса РФ (ГК РФ).
Согласно ст. 209 ГК РФ:
1. Собственнику принадлежат права владения, пользования и распоряжения своим имуществом.
2. Собственник вправе по своему усмотрению совершать в отношении принадлежащего ему имущества любые действия, не противоречащие закону и иным правовым актам и не нарушающие права и охраняемые законом интересы других лиц, в том числе отчуждать свое имущество в собственность другим лицам, передавать им, оставаясь собственником, права владения, пользования и распоряжения имуществом, отдавать имущество в залог и обременять его другими способами, распоряжаться им иным образом.
Полагаю, что секретарь нотариусы не прав. Являетесь ли вы ИП или не являетесь, либо являетесь кем-то еще, это не лишает вас вышеуказанных правомочий собственника. Приобретя статус ИП, вы остаетесь собственником своего имущества (квартиры) и вправе по своему усмотрению распоряжаться им.
С наилучшими пожеланиями, Воробьев Н.И., к.ю.н.