Есть ли необходимость уплаты подоходного налога в случае реализации ценных бумаг с помощью инвестиционной компании?

Добрый день. Исхожу из того, что Вы налоговый резидент.

 При реализации цб  у физ.лица образуется доход подлежащий обложению НДФЛ. Это прямо установлено пп.5 п.1, пп.5 п.3 ст.208 НК http://www.consultant.ru/docum...

 и статьей 209 НК 

Объектом налогообложения признается доход, полученный налогоплательщиками:
1) от источников в Российской Федерации и (или) от источников за пределами Российской Федерации — для физических лиц, являющихся налоговыми резидентами Российской Федерации

Утверждение ИК не совсем понятны в данном случае. Возможно речь идет об открытии у них ИИС с зачислением денег на него и получением инвестиционного налогового вычета по ст. 219.1 НК 

http://www.consultant.ru/docum...

В любом случае здесь требуется детальный разбор и самого договора и полностью всей предлагаемой схемы, что возможно в рамках отдельной полноценной услуги в чате.

А также каковы возможные юридические последствия?

Доначисление налога с дохода полученного от реализации цб. По штрафам и пени нужно разбираться дополнительно, в зависимости от резиденции ик. 

С уважением Евгений Беляев