Как мне все это правильно оформить?

Уважаемая Елена! Доброго! 

Если 

У нас 2е детей и дом в совместной собственности. Когда покупали дом брали кредит и заплатили его часть материнским капиталом, соглашение нотариальное не выполнили, прошло уже 15 лет. 

то, чтобы не получить проблем от ПФ РФ или/и от органов прокуратуры и органов опеки и попечительства, лучше детям доли выделить и подарить.

Далее, скорее брачный договор у Вас есть (раз кредит брали). Что по нему?

Он юрист и говорит что можно только доли между собой поделить а детей не наделать долями.

Елена

Неверное рассуждение. Я бы вам советовала поделить дом с маткапиталом на всех. При этом доли детей у вас будут маленькими, потому что выделяют доли соразмерно вложенного маткапитала.

Согласно обзора судебной практики Верховного Суда РФ № 2 (2016) утвержденной  Президиумом ВС РФ от 06.07.2016 г. и определения ВС РФ от 20.02.2018 г. № 11-КГ17-34 при определении долей родителей и детей в праве собственности на жилое помещение необходимо руководствоваться ч. 4 ст. 10 ФЗ от 29.12.2006 г. № 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей», а также положениями ст. 38, 39 СК РФ, определение долей в праве собственности на квартиру должно производиться исходя из равенства долей родителей и детей на средства материнского (семейного) капитала, потраченные на приобретение этой квартиры, а не на средства, за счет которых она была приобретена.
В данном случае необходимо руководствоваться принципом соответствия долей в зависимости от объема собственных средств, вложенных в покупку жилья родителями (в том числе средств, принадлежащих каждому из родителей, не являющихся совместно нажитыми), а также средств материнского капитала. Материнский капитал должен распределяться на родителей и детей в равных долях. Доли детей в общем имуществе определяются пропорционально их доле в материнском капитале.

Либо второй вариант, если вы сейчас продаете данный дом: обратиться в опеку и получить разрешение без выделения долей в продаваемом доме продать его и купить иное имущество в котором доли будут выделены.

Здравствуйте, Елена.

 Когда покупали дом брали кредит и заплатили его часть материнским капиталом, соглашение нотариальное не выполнили,

кредит погашен уже, на дом обременений нет?

Если так, то вам нужно выполнить соглашение о наделить долями всех членов семьи. Детям  размер долей будет соразмерно вложенному маткапиталу.

Далее,

Сейчас я хочу выкупить у него долю так как он женился 2й раз и живет в другом доме, сын ушёл с ним ему 16лет, дочь со мной ей 9лет.

оформляете доли, и покупаете у него его долю, либо он дарит вам ее.

 Но допустим я решу потом продать дом кому нибудь через ипотеку, потребуют ли у меня доли на детей?

если как вы указали у вас было соглашение, конечно контролирующие органы могут поставить под сомнение ваши действия.

И я хочу что бы на те деньги что я ему заплачу он купил сыну квартиру и наделил его долями а я выделю доли в своей квартире только дочери. Как мне все это правильно оформить?

вы не можете его обязать купить сыну квартиру на деньги, полученные от вас за его долю в квартире. Это должно быть его волеизьявление.