Андрей, здравствуйте! В описанной Вами ситуации проблем с выездом за границу быть не должно.
Статья 15 Федерального закона от 15.08.1996 г. № 114-ФЗ(ред. от 23.07.2013)«О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию», действительно, указывает на возможность временного ограничения права на выезд из РФ гражданина, который
в соответствии с законодательством Российской Федерации призван на военную службу или направлен на альтернативную гражданскую службу, — до окончания военной службы или альтернативной гражданской службы;
В то же время статья 16 указывает на то, что
Во всех случаях временного ограничения права на выезд из Российской Федерации, предусмотренных статьей 15 настоящего Федерального закона, федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный на осуществление функций по контролю и надзору в сфере миграции, или его территориальный орган выдает гражданину Российской Федерации уведомление, в котором указываются основание и срок ограничения, дата и регистрационный номер решения об ограничении, полное наименование и юридический адрес организации, принявшей на себя ответственность за ограничение права данного гражданина на выезд из Российской Федерации.
Таким образом, ограничение выезда за пределы РФ может быть только на основании решения, а Вы должны были получить уведомление об этом. Без прохождения этих обязательных процедур ограничить прав на выезд за границу нельзя.
Кроме того, поскольку Вы не расписывались в получении повестки — значит, Вы ее не получали, а получение Вами повестки обязательный этап процедуры призыва в соответствии с законодательством РФ.
Удачи Вам!