Здравствуйте, Дарья!
В случае, если суд апелляционной инстанции сочтёт нарушения процессуального законодательства существенными (которые могли повлиять на правильность рассмотрения дела), то решение суда первой инстанции будет отменено с вынесением нового решения.
Что касается оплаты государственной пошлины, то по ряду категорий дел оплата государственной пошлины не требуется. Также в налоговом законодательстве есть категории лиц, которые освобождаются от уплаты государственной пошлины. Это также должно быть учтено судом апелляционной инстанции.
Сами по себе процессуальные нарушения перечисленные вами не являются основанием для отмены судебного решения в любом случае. Это значит, что они носят оценочный характер и могут устраняться в ходе судебных заседаний.