Что делать если заявление подадут?

Анна, здравствуйте! Недостача должна быть оформлена актом ревизии с участием материльно ответственного лица. Кроме того, с работодателя не снимается ответственность за надлежащее обеспечение сохранности материальных ценностей и их надлежащее оформление. Поэтому если у работодателя в этом смысле бардак, то не  факт, что вина работника будет доказанной. Возможно, что угроза подать заявление в полицию — всего лишь угроза, чтобы запугать работника и заставить его платить за украденные кем-то ценности. Почитайте в Трудовом кодексе РФ Раздел XI. МАТЕРИАЛЬНАЯ ОТВЕТСТВЕННОСТЬ СТОРОН ТРУДОВОГО ДОГОВОРА, чтобы знать свои права и обязанности и уметь их реализовывать (в правовой системе Гарант или КонсультантПлюс).