Нужно ли сначала подавать жалобу в вышестоящий налоговый орган? Что делать, если срок обжалования уже был пропущен?»

В Кодексе об административных правонарушениях:

«Статья 30.3. Срок обжалования постановления по делу об административном правонарушении
1. Жалоба на постановление по делу об административном правонарушении может быть подана в течение десяти суток со дня вручения или получения копии постановления.»
Постановление  налогового органа может быть обжаловано в соответствии с Кодексом об административных правонарушениях РФ:
«Статья 30.1. Право на обжалование постановления по делу об административном правонарушении

1. Постановление по делу об административном правонарушении может быть обжаловано лицами, указанными в статьях 25.1 — 25.5.1 настоящего Кодекса:
1) вынесенное судьей — в вышестоящий суд;

2) вынесенное коллегиальным органом — в районный суд по месту нахождения коллегиального органа;

3) вынесенное должностным лицом — в вышестоящий орган, вышестоящему должностному лицу либо в районный суд по месту рассмотрения дела;

3.1) вынесенное должностным лицом, указанным в части 2 статьи 23.79, части 2 статьи 23.79.1 или части 2 статьи 23.79.2 настоящего Кодекса, — в вышестоящий орган, вышестоящему должностному лицу, в уполномоченный соответствующим нормативным правовым актом Президента Российской Федерации, Правительства Российской Федерации или соглашением о передаче осуществления части полномочий федеральный орган исполнительной власти либо в районный суд по месту рассмотрения дела;
4) вынесенное иным органом, созданным в соответствии с законом субъекта Российской Федерации, — в районный суд по месту рассмотрения дела.

1.1. Постановление по делу об административном правонарушении, вынесенное судьей, может быть также обжаловано в вышестоящий суд должностным лицом, уполномоченным в соответствии со статьей 28.3 настоящего Кодекса составлять протокол об административном правонарушении.
2. В случае, если жалоба на постановление по делу об административном правонарушении поступила в суд и в вышестоящий орган, вышестоящему должностному лицу, жалобу рассматривает суд. По результатам рассмотрения жалобы выносится решение.

3. Постановление по делу об административном правонарушении, связанном с осуществлением предпринимательской или иной экономической деятельности юридическим лицом или лицом, осуществляющим предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, обжалуется в арбитражный суд в соответствии с арбитражным процессуальным законодательством. 4. Определение об отказе в возбуждении дела об административном правонарушении обжалуется в соответствии с правилами, установленными настоящей главой.»

На основании этой статьи, Постановление в отношении юр.лица нужно обжаловать в Арбитражный суд по месту нахождения юрлица.
Постановление в отношении должностного лица может быть обжаловано в районном суде.
Если срок обжалования пропущен, то в Жалобе нужно указать уважительные причины пропуска срока и ходатайство о восстановлении срока на обжалование. Госпошлина не оплачивается.
Для справки:(действие ст.14.5 ч.2 приостановлено до 1 июля 2020 г. ФЗ №171 от 3 июля 2019
«Приостановить до 1 июля 2020 года действие частей 2 — 4 и 6 статьи 14.5 Кодекса Российской Федерации об административных правонарушениях  в отношении применения контрольно-кассовой техники при осуществлении расчетов водителями или кондукторами в салоне транспортного средства при реализации проездных документов (билетов) и талонов для проезда в общественном транспорте, а также расчетов за услуги в сфере жилищно-коммунального хозяйства (включая услуги ресурсоснабжающих организаций).»