Добрый день!
Дело в том, что военный билет не является ключевым документом, по которому смотрят срок службы. Это лишь удостоверение личности военнослужащего.
Приказ об исключении из списков части и зачислении в запас формируется на основании ранее изданных в части приказов, вашего личного дела, штатного расписания и выписок отдела комплектования.
Вы можете быть спокойны, уволят Вас вовремя и переслуживать не придется. Другой вопрос, что восстановить военный билет, вероятно, придется Вам в Военном комиссариате по месту регистрации.
С уважением,
Павел Германович