Здравствуйте, Евгений!
Да, Вы будете платить ипотечный кредит перед банком за счет собственных средств.
Согласно Постановлению Правительства РФ от 15 мая 2008 г. N 370 «О порядке ипотечного кредитования участников накопительно-ипотечной системы жилищного обеспечения военнослужащих»
74. В случае увольнения с военной службы участник обязан уведомить уполномоченный орган о факте своего увольнения в течение 5 рабочих дней со дня издания соответствующего приказа и сообщить полный почтовый адрес для направления материалов по взаиморасчетам с уполномоченным органом.
Уполномоченный орган, получив уведомление об увольнении участника, направляет в федеральный орган запрос о предоставлении сведений об исключении участника из реестра участников.
При восстановлении на военной службе Вас снова включат в НИС.
Поэтому, чем быстрее Вы восстановитесь на военную службу, чем выгоднее для Вас.
Если у Вас будут дополнительные вопросы, можете обращаться в чат к юристу.
С уважением!