Как уволиться с работы у ИП, если у меня еще числится долг?

Здравствуйте, Роман! 

    Давайте по порядку. Исходя из того, что Вы были оформлены на работу официально и договор о полной материальной ответственности Вами был подписан. (Если это не так, то Вы никому ничего не должны, тем более это не Ваша вина).
      Итак, согласно ст. 247 ТК РФ, до принятия решения о возмещении ущерба работником работодатель обязан провести проверку для установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения. Для проведения такой проверки работодатель имеет право создать комиссию с участием соответствующих специалистов.
    Истребование от работника письменного объяснения для установления причины возникновения ущерба является обязательным. В случае отказа или уклонения работника от предоставления указанного объяснения составляется соответствующий акт.
      Ст.248 ТК РФ
       Взыскание с виновного работника суммы причиненного ущерба, не превышающей среднего месячного заработка, производится по распоряжению работодателя. Распоряжение может быть сделано не позднее одного месяца со дня окончательного установления работодателем размера причиненного работником ущерба.
     Если месячный срок истек или работник не согласен добровольно возместить причиненный работодателю ущерб, а сумма причиненного ущерба, подлежащая взысканию с работника, превышает его средний месячный заработок, то взыскание может осуществляться только судом.
    Другими словами, если все было сделано как полагается по ТК, то только через суд. Если совсем нет никаких документов о причиненном ущербе, то Вы ничего не должны. А если начальник будет требовать и угрожать можете написать заявление в полицию о вымогательстве.
Удачи.