Здравствуйте, Алексей.
Ну регистрацию надо естественно оформлять. Видимо в 2008 году что-то кто-то не досмотрел или не доделал, в итоге получилось, что ребенок нигде не зарегистрирован. Относительно штрафа, то это работники МФЦ погорячились, так как ребенок не может быть привлечен к ответственности, более того статья 19.15.1 КоАП РФ предусматривает освобождение от административной ответственности в определенных случаях
Статья 19.15.1. Проживание гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении без регистрации
1. Проживание гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении без регистрации либо допущение такого проживания нанимателем или собственником этого жилого помещения свыше установленных законом сроков
Примечание. Граждане Российской Федерации освобождаются от административной ответственности за административное правонарушение, предусмотренное настоящей статьей, в случае: если они являются супругами, детьми (в том числе усыновленными), супругами детей, родителями (в том числе приемными), супругами родителей, бабушками, дедушками или внуками нанимателя (собственника) жилого помещения, имеющего регистрацию по месту жительства в данном жилом помещении
Надею, что помог в разрешении вопроса. Для более подробной консультации можете написать мне личное сообщение. Буду рад ответить на все дополнения к вопросу. Удачи Вам!