Здравствуйте. Согласно требованиям Федерального закона «О правовом положении иностранных граждан в РФ» срок пребывания иностранного гражданина в РФ определяется сроком действия выданной ему визы. Соответственно, если данный срок нарушен, иностранный гражданин будет являться незаконно находящимся на территории РФ и нести за это административную ответственность вплоть до административного выдворения за пределы РФ.
При рассмотрении дела судья может учесть факт наличия супруги, являющейся гражданкой РФ, и не применить выдворение. Однако и наоборот может справедливо заметить, что можно было бы и запланировать свой въезд и нахождение на территории РФ так, чтобы не нарушать срок пребывания. Так что в любом случае законом никаких исключений из миграционных правил не предусмотрено, каждый случай рассматривается в индивидуальном порядке и заранее предугадать исход дела проблематично.
Со своей стороны могу посоветовать либо не регистрировать брак, а перенести на другую дату в будущий период законно пребывания на территории РФ, либо регистрировать брак сейчас, но с риском возможных будущих разбирательств по поводу его незаконного нахождения на территории РФ.