Данные выплаты установлены органами власти субъекта РФ. Другими словами: данный вид выплат установлен местными властями — г. Москвы и г. Санкт-Петербург.Эти города имеют статус городов федерального значения. К сожалению, это касается не только упомянутых Вами пособий, но и пенсионных выплат например.
Буквально в г. Москва, который граничит с Московской областью, есть такие улицы, где одна сторона улицы — это г. Москва, другая — Московская область, так вот одинаковые граждане (по социальному статусу и другим параметрам) — получают совершенно разные по суммам выплаты в виду разной принадлежности по территориальному признаку.