Здравствуйте.
У Вас по сути два варианта.
Первый. Переделывать Договор купли-продажи посредством составления дополнительного соглашения к нему и указанием в нем на продажу Вам двух квартир, поскольку по кадастровому учету именно 2 квартиры существуют, №15 и №16.
Либо, обращаться с иском в суд и доказывать, что Ваша квартира №16, это объединенные квартиры №15 и №16, но не зарегистрированные владельцем в кадастре в объединенном виде.
При этом, при любом варианте Росреестр может поставить вопрос о законности реконструкции по объединению двух квартир.
Придется доказывать, что такая реконструкция была произведена застройщиком с получением разрешения на реконструкцию (строительство) или если она была произведена не застройщиком, а покупателем у Застройщика или следующими владельцами, то разрешение администрации на реконструкцию и согласие собственников на реконструкцию.
Положения законодательства и позиции судебной практики по ссылке
В силу п.6 ч.7 ст. 51 Градостроительного кодекса РФ в целях реконструкции, застройщик обязан представить в уполномоченный орган согласие всех правообладателей объекта капитального строительства в случае реконструкции такого объекта, что в данной ситуации сделано не было" (см. подробнее Решение Октябрьского районного суда г. Калининграда от 4 марта 2010 года). P.S. 19 мая 2010 г. Калининградским Областным судом вынесено кассационное определение: решение Октябрьского районного суда г. Калининграда от 4 марта 2010 г. оставить без изменения, кассационные жалобы без удовлетворения.
http://logos-pravo.ru/o-soglasii-sobraniya-sobstvennikov-na-rekonstrukciyu-zhilogo-doma-sudebnaya-praktika
С уважением! Г.А. Кураев
Решение Росреестра по регистрации можете приложить к вопросу?
Возможно это ошибка Застройщика, что он поставил на учет эти квартиры как отдельные помещения.
Надо решение Росреестра о приостановлении регистрации или об отказе в регистрации изучать.