Что мне делать и куда мне обращаться в таком случае?

Екатерина, российский паспорт выдаётся гражданину России. То есть получение паспорта — это следствие гражданства, а не оторванный от обстоятельств факт. Проживание гражданина Российской Федерации за пределами Российской Федерации не прекращает его гражданства Российской Федерации. Гражданин Российской Федерации не может быть лишен гражданства Российской Федерации или права изменить его просто так, по желанию чиновников миграционной службы. Но в суде всё это надо доказывать. 

Если вы считаете себя гражданкой России, надо обращаться в суд с иском о признании вас гражданкой России и выдаче российского паспорта, а не просто о факте проживания на территории РФ, который сам по себе не порождает автоматически российского гражданства. Подавайте новый иск в суд и приложите уже имеющуюся у вас копию решения суда о проживании на территории РФ, а также и другие доказательства российского гражданства. Непонятно, зачем вы получали паспорт Украины, если не считали себя гражданкой Украины. Если вы сделали это в несовершеннолетнем возрасте и с подачи чиновников миграционной службы по безграмотности вашей и чиновников, эти обстоятельства надо доказывать суду.