В какой срок следователь должен дать ответ на заявление о нарушениях УПК?

Здравствуйте! Срок рассмотрения ходатайства установлен ст. 121 УПК РФ:

Ходатайство подлежит рассмотрению и разрешению непосредственно после его заявления. В случаях, когда немедленное принятие решения по ходатайству, заявленному в ходе предварительного расследования, невозможно, оно должно быть разрешено не позднее 3 суток со дня его заявления.

обязан ли он сначала расследовать все факты, а потом передать дело суд?

Следователь обязан рассмотреть ходатайство и по результатам вынести постановление. Если ходатайство будет удовлетворено, следователь должен  совершить все те процессульаные дейтвия или принять решения. о которых Вы просите в ходатайстве.

Отказ в удовлетворении ходатайства Вы вправе обжаловать.