Здравствуйте, Сергей.
Если у Вас по факту имеется задолженность, то конечно исполнитель услуги вправе требовать оплаты. Что касается пени, то, учитывая, что Вы говорите, что счета не приходили, необходимо дополнительно исследовать вопрос нет ли тут просрочки кредитора в части направления счетов, что прописано в договоре и соответственно возможно в этом случае требование по оплате пени необоснованно.
Также нужно смотреть Вашу ситуацию на предмет возможности применения сроков исковой давности. Но нужно иметь ввиду, что она применяется только в суде и только по заявлению стороны по делу.
С уважением, Б.М.