Добрый день. Не совсем понятно о чем Вы спрашиваете. Налогообложение в РФ возможно в том случае, если Ваша товарищество ведет работу в РФ. В этом случае речь может идти о постоянном представительстве — ст.306 НК с уплатой того же налога на прибыль, НДС. Или оказание услуг в электронной форме -ст.174.2 НК, с оплатой НДС. Тут нужно более детально рассматривать всю структуру.
При этом между РФ и Эстонией не ратифицировано соглашение о двойном налогообложении, поэтому налог будет и в РФ и в Эстонии.
Если же нужно разрабатывать схему для оптимизации бизнеса, то это требует более тщательной проработки. При необходимости детального разбора вопроса можете писать в чат (кнопочка рядом с фото юриста) для индивидуальной консультации (платно) .
С уважением Евгений Беляев