Елена, добрый вечер!
П. 1 ст. 211 НК РФ предусмотрено
При получении налогоплательщиком дохода от организаций и индивидуальных предпринимателей в натуральной форме в виде товаров (работ, услуг), иного имущества, налоговая база определяется как стоимость этих товаров (работ, услуг) иного имущества, исчисленная исходя из их цен, определяемых в порядке, аналогичном предусмотренному статьей 105.3 настоящего Кодекса.
В соответствии с положениями ст. 105.3 НК РФ стоимость имущества оценивается по рыночным ценам.
Поэтому распределение имущества, в частности квартиры, между частниками ликвидируемого общества будет происходит исходя из рыночной, а не балансовой стоимости имущества.
Налогоплательщики (участники общества) при получении имущества в случае ликвидации общества вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества (пп. п. 2 ст. 220 НК РФ) или на имущественный налоговый вычет в размере 250 тыс рублей (пп. 1 п. 2 ст. 220 НК РФ).
Налоговый вычет в данном случае не предоставляется налоговым агентом.
Письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 27 мая 2016 г. N 03-04-06/30627 Об определении налоговой базы по НДФЛ при передаче средств (имущества) участнику общества в случае ликвидации общества
Поскольку предоставление у налогового агента имущественного налогового вычета при передаче средств участнику общества в случае его ликвидации Кодексом не предусмотрено, в отношении таких доходов организация, являясь налоговым агентом, обязана исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога на доходы физических лиц в общеустановленном порядке с полной суммы выплаченного дохода, а также представить соответствующие сведения в налоговый орган.
ГАРАНТ.РУ: http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/71338290/#ixzz65vWM7M7X
Получение вычетов осуществляется при подаче налогоплательщиком налоговой декларации в налоговую инспекцию.