Добрый день!
Да, в этой ситуации Стороны договора могут подписать дополнительное соглашение.
Основание.
Исполнение сторонами договора поставки за пределами срока его действия расценивается как поставка в рамках данного договора, если исполнение производилось на условиях, указанных в договоре и со ссылкой на данный договор, если в договоре нет оговорки, что по окончании срока его действия прекращаются обязательства сторон по договору.
Если Покупатель принимает товар (есть соответствующая отметка в товарных накладных), тем самым Стороны договора фактически продлевают срок действия договора на неопределенный период, в связи с чем можно признать срок действия договора не истекшим.
Соответствующие выводы делают арбитражные суды (Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 24.11.2011 по делу N А33-13303/2010, Постановление ФАС Уральского округа от 15.05.2014 N Ф09-2055/14 по делу N А60-25260/2013, Постановление ФАС Центрального округа от 09.12.2013 N А62-1223/2013, Постановление ФАС Московского округа от 29.05.2014 N Ф05-4703/14).