Здравствуйте, Владимир.
Регистрация брака и смена фамилии не изменят Вашего статуса по отношению к детям.
Для того, чтобы стать для детей полноценным отцом Вам необходимо обратиться в суд с заявлением об установлении отцовства. Положительное решение суда по данному вопросу будет являться основанием для внесения сведений о Вас как об отце в актовые записи о рождении детей, что позволить Вам изменить не только их фамилии, но и отчества, а также приобрести права и обязанности в отношении детей.
Если Вам нужна помощь в составлении заявления об установлении отцовства, обращайтесь.