Можно ли при разводе оформить передачу квартиры жене с выплатой компенсации через брачный договор?

Уважаемая Александра! Доброго! Здесь еще надо считать расходы на нотариуса. Соглашение о разделе имущества — дороже (по услугам технического и правового характера надо интересоваться у конкретного нотариуса). Или через суд и через мировое соглашение (см. ст.333.19 НК РФ: .http://www.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?rnd=F4FF572357576F1963AEB235D38E8E46&base=LAW&n=326593&dst=4294967295&cacheid=8A696156EC8EF5A2028B995E8CEBFFDB&mode=rubr&req=doc#06040145517509259)

НДФЛ нет.

Александра, добрый день! Можно и брачным договором, можно соглашением о разделе имущества.  В случае соглашения между супругами облагаемого налогом дохода не возникает, см. напр.

Письмо Минфина России от 02.03.2017 N 03-04-07/11811

Соответственно, при заключении супругами соглашения о разделе имущества, находившегося в их совместной собственности, у супругов не возникает экономической выгоды, поскольку один из них становится единоличным владельцем части имущества, которым владел и ранее, но совместно с супругом.
Согласно пункту 1 статьи 217 Кодекса не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) налогом на доходы физических лиц государственные пособия, за исключением пособий по временной нетрудоспособности (включая пособие по уходу за больным ребенком), а также иные выплаты и компенсации, выплачиваемые в соответствии с действующим законодательством.Сумма, выплачиваемая супругом, получившим большую долю имущества, супругу, получившему меньшую долю, на основании решения суда, является компенсацией, предусмотренной статьей 38 Семейного кодекса. Такая денежная сумма не подлежит обложению налогом на доходы физических лиц согласно статье 217 Кодекса.

т.е. возникает или нет доход зависит от того, получен ли он супругом или бывшим супругом с учетом положений п. 5 ст. 208 НК