На каком основании можно не прописать мужа при оформлении совместной квартиры, купленной за МК?

Здравствуте, Елена! Вообще- в соответствии с частью 1 ст. 10 Федерального закона «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» от 29.12.2006 N 256-ФЗ- 

4. Жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, оформляетсяв общую собственность родителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.

То есть он в любом случае имеет право на выделение доли, и спокойно самостоятельно сможет зарегистрироваться в данной квартире