Что нужно оформить для сбора паспортных данных

Здравствуйте, Александр.

1. Возможно ли быть посредником ИП усн 6%, платить налоги только с комиссии, а не со всего оборота?

Да возможно (пп.9 п.1 ст.251 НК РФ).

2. Как правильно делать массовые выплаты физическим лицам и не быть налоговым агентом.

Если только работаете по агентскому договору (ст.1005 ГК РФ).

3. Как правильно юридически на сайте все оформить, какие документы нужны, на что где обратить внимание, есть ли хорошие компании которые могут помочь составить эти документы?

Агентский договор, договор оказания услуг, политика конфиденциальности, ну и привести сайт в соответствие 152-ФЗ. Все документы выложить в открытом доступе.

4. Как заключить договор на сайте между заказчиком и исполнителем, что бы он имел юридическую силу и стороны несли ответственность

Оферта в данном случае подойдёт (ст.435 ГК РФ). И в ней уже прописать все моменты, включая порядок заключения договора на условиях, которые изложены в оферте.

5. Если планируется реферальная система, как делать выплату физическому лицу в виде вознаграждения, и не быть налоговым агентом?

Вот тут уже никак.

6. Что нужно оформить для сбора паспортных данных

В любом случае получать согласие на обработку. Исходя из того какой у вас интернет-сервис (по вашему описанию), то вам вообще не нужно обрабатывать такие данные. У вас достаточно собирать ФИО, е-маил, телефон.