Может ли переписка в мессенджере являться доказательством в суде?

Да, переписка должна быть заверена. Но нет необходимости переплачивать за нотариальное заверение. В судах принимают заключение судебного эксперта, равного нотариальному, в рамках проведенного исследования в отношении представленных доказательств. При этом, любое лицо, может обратиться в центры заверения цифровой информации (судебных экспертиз), как в досудебном порядке, так и в судебном.

Будь то переписка из мессенджеров (WhatsApp, Viber, Telegramm, Instagramm и пр.) либо электронный документооборот с помощью электронной почты, эксперт обладает специальными знаниями, которыми не обладают нотариусы. 

Добрый день, Александр

Переписка по СМС или в мессенджерах однозначно может использоваться в доказывании по гражданским делам.
Фиксацию переписки лучше проводить у нотариуса во избежание утраты доказательств в будущем. Переписка, закрепленная «кустарным» способом (скриншот/ таблица) , является доказательством в суде, но требует предъявление на обозрение суда телефона, кроме того бывают случаи, когда не принимают   переписку   без дополнительных доказательств факта переписки (у оператора связи), но это редкость.

а это практика :[1] Постановление Арбитражного суда Северо-Кавказского округа от 13 марта 2017 г. N Ф08-1154/17 по делу N А77-986/2015, Постановление Арбитражного суда Уральского округа от 18 ноября 2016 г. N Ф09-9930/15 по делу N А50-7834/2015, Постановление Второго арбитражного апелляционного суда от 5 марта 2018 г. N 02АП-606/18, Постановление Девятого арбитражного апелляционного суда от 15 ноября 2017 г. N 09АП-50243/17, Постановление Пятнадцатого арбитражного апелляционного суда от 28 октября 2015 г. N 15АП-17545/15, Апелляционное определение СК по гражданским делам Верховного Суда Республики Татарстан от 06 апреля 2017 г. по делу N 33-5779/2017, Апелляционное определение СК по гражданским делам Краснодарского краевого суда от 07 февраля 2017 г. по делу N 33-3261/2017, Апелляционное определение СК по гражданским делам Свердловского областного суда от 20 мая 2016 г. по делу N 33-8564/2016, Постановление Девятого арбитражного апелляционного суда от 14 февраля 2018 г. N 09АП-71125/17, Постановление Шестого арбитражного апелляционного суда от 15 декабря 2017 г. N 06АП-6318/17, Постановление Тринадцатого арбитражного апелляционного суда от 14 июля 2017 г. N 13АП-12179/17. Во всех указанных случаях суды давали оценку СМС переписке и переписке в мессенджерах,