Как правильно оформить в договоре подочетные средства?

Здравствуйте,

на которые мы будем приобретать различные лицензии и производить оплату аренды серверов

Oleg

Основной вопрос в том для кого именно вы будете приобретать эти лицензии и кто будет получателем аренды.

Если получателем лицензии и аренды будет непосредственно заказчик,  то необходимо говорить об агентской деятельности, когда ваша компания как агент будет действовать от своего имени но за счет заказчика услуг

1. По агентскому договору одна сторона (агент) обязуется за вознаграждение совершать по поручению другой стороны (принципала) юридические и иные действия от своего имени, но за счет принципала либо от имени и за счет принципала.
ст. 1005, «Гражданский кодекс Российской Федерации (часть вторая)» от 26.01.1996 N 14-ФЗ

Если лицензии и аренда будут на имя вашей компании, то необходимо говорить о компенсации заказчиком расходов связанных с выполнением работ.

о 100% предоплате средств которые пойдут на приобретение сопутствующих интернет-товаров и услуг (лицензии, сервера) для реализации проекта

Oleg

в договоре можно указать пункт о том что заказчик компенсирует  расходы необходимые для выполнения работ. К договору можно приложить смету расходов необходимых для  выполнение работ, сумма расходов может быть определена в том числе и только максимальным размером который компенсируется заказчиком.

Формулировка договора в этом случае может быть следующей:
«Заказчик обязан компенсировать Подрядчику понесенные и оплаченные им расходы указанные в приложении 1, связанные с выполнением работ по настоящему договору. Максимальная сумма компенсируемых расходов составляет X рублей. Сумма компенсируем и расходов в размере X рублей перечисляется Подрядчику авансом в срок до 01.01.2020 г.».

2. Как правильно сформулировать в договоре факт того, что неизрасходованный остаток (если он будет) мы вернем контрагенту обратно на р/с

Об этом так и стоит написать 

В случае если по окончании работ расходы Подрядчика составят сумму менее  перечисленного аванса в размере X рублей, неиспользованная часть аванса подлежит возврату Заказчику в течении 10 дней после подписания сторонами акта приема выполненных работ.

3. Требуется ли где-то в договоре или актах к нему прикладывать чеки на расходную часть денег или же это остается внутри сотрудничающих компаний по желанию обеих сторон ?

Документы подтверждающие расходы также будут нужны вам для уменьшения налоговой базы(Зависит от вашей системы налогообложения).

Заказчику для подтверждение понесенных расходов могут потребоваться  документы подтверждающие несение этих расходов. Однако каких-либо заранее установленных норм тут нет исключительно только как вы договоритесь с вашим заказчикам.

Если заказчику документы нужны для уменьшение налоговой базы и включения их в расходы в целях налогообложения,  То в договоре лучше прописать подробно порядок и сроки передачи документов.

Если не будете  указывать что передаются документы подтверждающие расходы, сумму расходов лучше зафиксировать актом подписанным обеими сторонами.

4. Будут ли данные средства (как условно подотчетные) облагаться НДФЛ или иными налогами?

Если ваше ООО применяет упрощенную систему налогообложения  то компенсированные вам расходы будут включаться в вашу базу налогообложения УСН

Таким образом, сумма за оказанные юридические услуги, а также сумма компенсируемых расходов исполнителя (в частности, на оплату госпошлины, отправку почтовой корреспонденции, расходы на получение сведений из ЕГРЮЛ и ЕГРИП и иные) включаются в доход при исчислении суммы налога, уплачиваемого в связи с применением УСН.
 Письмо Минфина России от 30.11.2015 N 03-11-06/2/69446

НДФЛ будет только в случае если подрядчиком являлось бы физическое лицо,  но так как у вас ООО то его не будет

С учетом изложенного, суммы возмещения издержек по договору возмездного оказания услуг, заключенному организацией с физическим лицом, включаются в налоговую базу указанных физических лиц.
Письмо Минфина России от 05.08.2015 N 03-04-06/45204

в целом вариант с агентским договором проще и дешевле, поскольку Все расходы сразу упадут на заказчика, не будут включаться в вашу базу по налогообложению, а вы будете просто выполнять работы с использованием мощностей и лицензий заказчика(но могут быть нюансы с правом заказчика передавать этим мощности и лицензии для работы)

Добрый день!
Коллега уже ответил на Ваш вопрос, я бы хотел в целом дополнить ответ в части оформления прав на ПО и в части требований к договору на разработку программного обеспечения.
В частности, исходя из своего опыта работы в части составления и сопровождения Договоров на разработку программного обеспечения как со стороны Заказчиков, так и со стороны Исполнителей (на территории РФ, а также международных), а также исходя из опыта ведения судебных споров по таким Договорам хотелось бы отметить следующее.
1. Что касается закрепления прав на программное обеспечение.
С одной стороны, обязанности регистрировать права на программное обеспечение с точки зрения закона нет (согласно п.1 ст. 1262 ГК РФ правообладатель в течение срока действия исключительного права на программу для ЭВМ или на базу данных может по своему желанию зарегистрировать такую программу или такую базу данных в федеральном органе исполнительной власти по интеллектуальной собственности).
То есть права на ПО будут иметь юридическую защиту и без регистрации права на программу для ЭВМ, регистрация права нужна именно для облегчения процесса доказывания наличия этих самых прав на ПО (хотя сама по себе регистрация тоже не является 100% подтверждением).
В целом подтверждением наличия прав на программное обеспечение выступают:
— при самостоятельной разработке – доказательства такой разработки (исходный текст программы, рабочие материалы и т.п.).
-  в ситуации, когда программное обеспечение разрабатывается работником: подтверждение того, что разработка была именно в рамках служебных обязанностей сотрудника. Для этого нужно будет представить трудовой договор, должностную инструкцию работника + оптимально еще отдельное соглашение с работником о переходе прав подписывать, подтверждающее постановку рабочей задачи и переход к работодателю прав на конкретное ПО, иногда еще делается приказ о разработке – это упростит доказывание.
— в ситуации, когда программное обеспечение разрабатывается исполнителем по отдельному договору на разработку программного обеспечения: сам договор, акт и т.д.
2. По поводу требований к самому договору на разработку программного обеспечения поясню, что их достаточно много. Очень многое зависит от того, какую стороны мы хотим защитить (для заказчика принципиально важны одни пункты в договоре, для исполнителя совершенно другие). В качестве основных можно выделить следующие:
А) Предмет договора. Обязательно должен быть конкретизирован, здесь допустимы следующие варианты:
— к договору делается полноценное техническое задание (ТЗ) на разработку.
— делаем рамочный договор, а именно в договоре прописывается общая формулировка, например, та же «разработка программного обеспечения» + дополнительно прописываем, что Стороны конкретное ПО и требования к нему согласовывают дополнительно и фиксируют в отдельных дополнительных соглашениях, либо в счетах на оплату.
— делаем рамочный договор, а именно в договоре прописывается общая формулировка + дополнительно указываем в договоре, что конкретные работы согласовываются в переписке по электронной почте, мессенджерах, системах постановки задач и т.п.
Какой именно вариант выбрать зависит от конкретной ситуации, от того, какое ПО разрабатывается и т.д. В каких-то ситуациях крайне желательно наличие ТЗ, в других можно спокойно обойтись и без ТЗ, все зависит от ситуации.
Для Заказчика конкретизация важна для того, чтобы Исполнитель не мог разработать ПО, не соответствующее требованиям Заказчикам и ссылаться при этом мол «условия договора я не нарушил, исправлять ничего не буду» + для подтверждения своих прав на конкретное ПО, а для Исполнителя конкретизация важна для того, чтобы уже Заказчик не мог, первоначально не обозначив полноценно свои «хотелки», потом ссылаться на то, что мол «я принимать работу не буду, так как я ждал совсем другого».
Б) Порядок и сроки оплаты.
По части оплаты для Заказчика ключевой момент – прозрачность ценообразования и гарантия отсутствия доплат, чтобы Исполнитель не смог в какой-то момент заявить мол «а вот это не входит в стоимость, давай доплачивай», если конечно речь не идет о почасовой оплате, но и там свои нюансы.
Для Исполнителя со своей стороны важно, чтобы Заказчик не мог затягивать с оплатой, а также не мог требовать от исполнителя выполнения тех работ, которые действительно не входят в согласованную стоимость.
Оплата может быть определена в договоре следующими способами:
— фиксированная плата за весь договор – это подходит для разовых услуг.
— фиксированная ежемесячная оплата – это подходит для вариантов, когда речь идет скорее не о разработке конкретного ПО, а о выполнении каких-то регулярных задач.
— почасовая оплата. В целом подходит для любых ситуаций, но в некоторых случаях для Заказчика данный вариант может быть не очень удобен из-за отсутствия конкретики по итоговым суммам (хотя этот вопрос можно решить, прописав ограничение максимальной суммы) и потенциальных злоупотреблений со стороны исполнителя. Вариант также полностью законен, единственное к нему есть свои требования. В частности, важно расписать как именно ведется учет количества часов (через специальную программу, либо учет количества часов ведет исполнитель) и по итогу количество часов и общая стоимость должны фиксироваться в ежемесячных счетах и/или актах. То есть здесь важно, чтобы механизм расчета количества часов был максимально прозрачен.
— бонусные выплаты. Здесь разные бывают ситуации и условия для выплаты бонусов. В некоторых случаях, например, Стороны договариваются о том, что Исполнитель получает % от последующих продаж Заказчиком разработанного программного обеспечения (как дополнительная мотивация для исполнителя). 
В) Сроки выполнения работы. Для Исполнителя отсутствие конкретики по срокам – возможность затянуть с выполнением работ, поэтому это один из важнейших пунктов для Заказчика.
Для Исполнителя со своей стороны также крайне важно, как именно определены сроки, в каких случаях они продлеваются и т.д., поскольку очень много ситуаций, когда Стороны прописали конкретную дату, к которой работа должна быть выполнена, а по итогу Заказчик затянул с оплатой аванса и Исполнитель приступил к работе намного позже, чем ожидалось, по итогу формально срок нарушен, хотя Исполнитель в этом и не виноват. Либо еще более распространенная история – нарушение сроков Исполнителем вследствие непредставления Заказчиком информации, доступов и т.д., то есть ситуации, когда Исполнитель не может выполнить работу в срок из-за действий Заказчика.
Чаще всего используются следующие варианты определения срока выполнения работ Исполнителем:
— конкретная календарная дата (не всегда выгодно Исполнителю).
— определенное количество дней с момента совершения одной из сторон каких-либо действий или наступления определенных событий (например, «60 дней с момента поступления Исполнителю оплаты от Заказчика» — для Исполнителя это выгоднее, чем просто календарная дата, особенно если работа и оплата разбиты на этапы).
Для Исполнителя также очень важно, чтобы в договоре были прописаны все условия, при которых сроки выполнения работ будут продлены (отсутствие согласований, непредоставление информации, доступов и т.д. — у нас часто указанный перечень занимает целую страницу договора, когда я делаю договор в интересах Исполнителя).
Г) Порядок приемки услуг. Здесь все зависит от ситуации, с точки зрения закона допустимы следующие варианты:
— стандартный вариант, при котором подписываются акты выполненных работ. Акты обычно подписываются: а) либо один раз за весь договор (обычно подходит если договор на разовую услугу), б) помесячно/поквартально – если договор предполагает выполнение регулярной работы, в) по итогам выполнения отдельных этапов работ (если работа разбита на этапы, то для Исполнителя будет большим плюсом закрывать каждый этап отдельным актом).
Акты в целом более важны для Исполнителя – они защищают его от того, что по истечении определенного времени Заказчик заявит, что мол «работа была выполнена некачественно, давай переделывай или возвращай деньги».
Для Заказчика в зависимости от ситуации важен итоговый закрывающий акт для дополнительной фиксации факта перехода к нему прав на программное обеспечение, а также в случае, если Заказчик выплаты Исполнителю ставит у себя в расходы (если Заказчик на УСН 15% или на ОСНО).
— упрощенный вариант, когда факт приемки работ мы привязываем к определенным событиям (оплата финального платежа по договору, направление определенного текста на электронную почту, отсутствие претензий в течение какого-либо времени и т.п.).
Выбор конкретного варианта зависит от ситуации, от отношений между Сторонами и других факторов, обычно я рекомендую определенный вариант уже после детального изучения ситуации клиента.
Д) Права на разработанное программное обеспечение и запрет на использование разработанного ПО самим Исполнителем в своих целях. Это самый основной пункт для Заказчика. С одной Стороны, согласно п.1 ст. 1296 ГК РФ «Исключительное право на программу для ЭВМ, базу данных или иное произведение, созданные по договору, предметом которого было создание такого произведения (по заказу), принадлежит заказчику, если договором между подрядчиком (исполнителем) и заказчиком не предусмотрено иное», то есть чисто формально если в договоре не будет прописано вообще ничего про права на ПО, то права автоматически переходят к Заказчику, однако на практике не все так просто.
С учетом моей практики ведения споров между Заказчиками и Исполнителями по договорам на разработку программного обеспечения, я всегда рекомендую Заказчикам прописывать в договоре следующие условия (Исполнителям со своей стороны эти пункты невыгодны и для них наоборот их лучше не фиксировать в договоре):
— момент перехода прав на ПО к Заказчику, отсутствие доп. условий для перехода прав.
— порядок передачи результата работ.
— полный запрет (если Сторонами не согласовано иное) на использование ПО самим Исполнителем в своих целях.
— гарантии Исполнителя о том, что он не заимствует при разработке ПО объекты интеллектуальной собственности, права на которые принадлежат другим лицам.
— обязательства Исполнителя по содействию Заказчику в различных ситуациях (оформление прав, ведение споров в суде и т.д.). Например, на Заказчика подали в суд со ссылкой на то, что он незаконно использует ПО, в суде ему нужно подтвердить свои права на ПО, но он потерял подтверждающие документы (договор, акт) – для таких ситуаций сразу фиксируем, что по требованию Заказчика Исполнитель должен будет подписать необходимые документы для подтверждения наличия прав у Заказчика.
Е) Ответственность. Для Заказчика важны следующие пункты:
— общие пункты об ответственности за просрочку выполнения работ, за выполнение некачественных работ и т.п.
— ответственность Исполнителя за любые заимствования при разработке. Очень частая история — Вам сделали сайт по договору, Вы начали его использовать, а завтра Вам прилетает претензия от конкурента о том, что Вы в своем сайте скопировали его дизайн и требует с Вас компенсацию полмиллиона рублей (Исполнитель не хотел платить дизайнеру и просто скопировал дизайн у конкурента, а Вы даже не знали об этом, но претензии предъявят к Вам).
— гарантийный период и сроки устранения недостатков. Не во всех случаях эти пункты актуальны, но, например, частая история, когда акт уже прописан, а после этого в работе ПО были обнаружены недостатки. Вы пишите Исполнителю требование об их устранении, а он кормит Вас завтраками. Важно конкретизировать порядок действий в таких ситуациях заранее, чтобы избежать проблем.
Для Исполнителя со своей Стороны важны следующие пункты об ответственности:
— ответственность Заказчика за просрочку оплаты.
— ответственность Заказчика за отсутствие согласований, непредоставление информации, доступов и т.п.
— ответственность Заказчика за последствия самостоятельного привлечения им третьих лиц к выполнению работ – важный момент, чтобы избежать ситуаций, когда Заказчик часть работ перепоручил другой компании, эта компания напортачила в своей части и потом по итогу Вы не можете нормально из-за этого закрыть договор.
Ж) Если у Вас дистанционное взаимодействие с контрагентом (а оно чаще всего всегда электронное), то обязательно нужно:
— ввести договором электронный документооборот (если делать это грамотно, там будет достаточно много пунктов, я сейчас не буду все их расписывать),
— указать в договоре все контактные данные Сторон (электронные почты, номера телефонов, мессенджеры) и данные уполномоченных представителей сторон.
— если используются специальные системы для связи между сторонами, а также для постановки задач или учета количества часов – также обязательно нужно это фиксировать в договоре.
Если вкратце, то это самые общие моменты, которые должны быть учтены в договоре. Помимо них существует еще большое количество различных нюансов, которые должны быть учтены в Договоре + Заказчику в идеале дополнительно к самому Договору еще подписать NDA с Исполнителем (Соглашение о неразглашении) для того, чтобы ограничить возможность куда-то сливать информацию, полученную им в процессе разработки ПО.
Готов ответить на Ваши дополнительные вопросы.
С Уважением, 
Васильев Дмитрий.