Какой список документов на реконструкцию нежилого здания и их подготовка?

Доброго времени суток! 
В вашем случае можно подать уведомление о строительстве (ст.51.1 ГрК РФ).
Можно непосредственно – лично нарочным способом, можно через сайт госуслуг, можно через МФЦ. Но, лучше лично.
Сроки (ориентировочно). 
При предоставлении муниципальной услуги сроки прохождения документов составляют:
— три дня – принятие и регистрация;
— двадцать дней – подготовка и заключение по уведомлению (о соответствии/несоответствии параметрам разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства, установленным правилами землепользования и застройки, документацией по планировке территории, и обязательным требованиям к параметрам объектов капитального строительства.
Отказать просто так не могут. Только на основании закона или в связи с отсутствием какого-либо необходимого документа.
Вы всегда можете исправить и подать уведомление повторно.
После одобрения, вы «проводите» реконструкцию или строительство вашего ИЖС.
Затем вновь подаете уведомление, но уже об окончании реконструкцию или строительство вашего ИЖС.
Все далее вносим изменения в техпаспорт и регистрируем в Росреестре.
Это не исчерпывающая информация.
Дать более подробную консультацию не представляется возможным, так как информации недостаточно, а данные случаи специфичны и индивидуальны.
Если, что-то осталось неясным или нужна дополнительная помощь, обращайтесь  в чат. Услуги в чате, у нас на сайте на платной основе.
Удачи и успехов вам.