В ДКП продавец просит указать меньшую сумму, разница 60000, предоставленные документы в порядке, у него в собственности квартира с октября 2016, как быть?

В любом случае, если между сторонами будет конфликт и дело дойдет до суда, то рассчитывать все издержки, неустойки и штрафы Суд будет из договора либо доказывать каким то образом, что сделка была притворной, как и случае последующего налогового вычета если захотите сами продавать квартиру.

НК РФ Статья 220. Имущественные налоговые вычеты

п. 2. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 1 пункта 1 настоящей статьи, предоставляется с учетом следующих особенностей:

1) имущественный налоговый вычет предоставляется:
в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 настоящего Кодекса, не превышающем в целом 1 000 000 рублей;
в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи иного недвижимого имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 настоящего Кодекса, не превышающем в целом 250 000 рублей;

Таким образом, при продаже квартире есть право на налоговый вычет, при соблюдении следующих условий.

НК РФ Статья 217.1. Особенности освобождения от налогообложения доходов от продажи объектов недвижимого имущества
п 2. Если иное не установлено настоящей статьей, доходы, получаемые налогоплательщиком от продажи объекта недвижимого имущества, освобождаются от налогообложения при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.
В целях настоящего пункта и пункта 3 настоящей статьи в случае продажи жилого помещения или доли (долей) в нем, предоставленных в собственность взамен освобожденных жилого помещения или доли (долей) в нем в связи с реализацией программы реновации жилищного фонда в городе Москве, при исчислении минимального предельного срока владения продаваемыми жилым помещением или долей (долями) в нем в срок нахождения в собственности налогоплательщика этих жилого помещения или доли (долей) в нем включается срок нахождения в собственности такого налогоплательщика освобожденных жилого помещения или доли (долей) в нем.
(абзац введен Федеральным законом от 27.11.2017 N 352-ФЗ)

При исчислении минимального предельного срока владения жилым помещением или долей (долями) в нем, предоставленными налогоплательщику в собственность в связи с реализацией программы реновации жилищного фонда в городе Москве, применяются положения пункта 3 настоящей статьи в случае, если право собственности на освобожденные при реализации указанной программы жилое помещение или долю (доли) в нем было получено при соблюдении хотя бы одного из предусмотренных пунктом 3 настоящей статьи условий.
(абзац введен Федеральным законом от 27.11.2017 N 352-ФЗ)

п 3. В целях настоящей статьи минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет три года для объектов недвижимого имущества, в отношении которых соблюдается хотя бы одно из следующих условий:
1) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком в порядке наследования или по договору дарения от физического лица, признаваемого членом семьи и (или) близким родственником этого налогоплательщика в соответствии с Семейным кодексомРоссийской Федерации;
2) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком в результате приватизации;
3) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком — плательщиком ренты в результате передачи имущества по договору пожизненного содержания с иждивением.
п 4. В случаях, не указанных в пункте 3 настоящей статьи, минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет пять лет.

Договор купли-продажи неотделимых улучшений заключается как раз на ту сумму, на которую уменьшена сумма договора купли-продажи квартиры.

Этот договор не подлежит предъявлению в органы регистрации (в отличие от договора купли-продажи квартиры). Он подписывается в простой письменной форме между продавцом и покупателем.

В нём также указывается условие о том, что стороны приходят к соглашению о том, что если будет расторгнут или признан недействительным договор купли-продажи квартиры, то договор купли-продажи неотделимых улучшений также считается расторгнутым, а уплаченная по нему сумма подлежит возврату покупателю.