Могу ли я использовать в своем производстве систему налогооблажения УСН 6%?

Здравствуйте,

Поскольку сбыт собственной продукции рассчитан на доставку до дома клиента и торговли через  собственные киоски по этим видам деятельности,  выбор систем налогообложения у вас  только из ОСН, УСН доходы, УСН доходы уменьшенные на величину расходов.

При ЕНВД розничная торговля продукцией собственного производства запрещена

К данному виду предпринимательской деятельности не относится реализация… а также продукции собственного производства (изготовления)
346.27 НК РФ

 В цеху будет лишь изготовление продукции. 

При розничной торговли  продукцией собственного производства,  само производство никак не отделяется от  торговли, соответственно доходы и расходы будут общие для производства и торговли.

Какую систему мне выбрать,

Для этого нужно посчитать ваши примерные доходы и расходы,  если доля расходов  будет превышать 60%  от доходов(выручки),  то выгоднее будет УСН доходы уменьшенные на величину расходов.
например: доходы 100т.р, расходы 61т.р
на УСН доходы это будет: 100 * 6% = 6 т.р
на УСН доходы-расходы: 100-61*15% = 5850 р.

Также необходимо учитывать что при применении усн доходы минус расходы,  существенно возрастут расходы на бухгалтерское обслуживание и подготовку налоговой отчётности,  поскольку первичную документацию по доходам и расходам нужно будет собирать,  анализировать рассчитывать и хранить.

Стоит учитывать все затраты…

как правильно платить налоги в общем?

При УСН вы освобождаетесь от НДФЛ — в отношении доходов, полученных от предпринимательской деятельности, Налог на имущество физических лиц — в отношении имущества, которое используется для предпринимательской деятельности и НДС. 
Остальные налоги платите + страховые взносы для ИП в фонды.

Добрый день, Наталья!

Если Вами же будет осуществляться доставка продукции, а не только её изготовление, то применять например патентную систему налогообложения Вы не можете, так как это не считается оказанием услуг общественного питания.

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМО
от 20 июля 2016 г. N 03-11-12/42505
Объект организации общественного питания, не имеющий зала обслуживания посетителей, — объект организации общественного питания, не имеющий специально оборудованного помещения (открытой площадки) для потребления готовой кулинарной продукции, кондитерских изделий и (или) покупных товаров. К данной категории объектов организации общественного питания относятся киоски, палатки, магазины (отделы) кулинарии при ресторанах, барах, кафе, столовых, закусочных и другие аналогичные точки общественного питания.
Таким образом, согласно Кодексу обязательными элементами общественного питания являются изготовление кулинарной продукции и организация потребления этой продукции на месте.
Отнесение предпринимательской деятельности по изготовлению и доставке пиццы по заказам физических лиц к услугам общественного питания Кодексом не предусмотрено.

Какую систему мне выбрать, как правильно платить налоги в общем?

Вы зарегистрировались как ИП более 30 дней назад, и подали уведомление о применении УСН 6%? Если так, то поменять например на доходы — расходы Вы сможете только на следующий календарный год.

Для этого до конца календарного года Вам нужно подать уведомление о смене объекта налогообложения по форме N 26.2-6.

Сейчас Вы на УСН 6%, соответственно, Ваши расходы не учитываются, Вы платите налог 6% от доходов, все доходы учитываются в КУД, в целом система доходы по сравнению с доходы — расходы проще для предпринимателя, но какая из них выгоднее — зависит от оборотов.