Здравствуйте,
Чтобы дети остались с матерью, матери нужно не допускать возможности доказывания в суде оснований, чтобы детей забрать, т.е. не вести асоциальный образ жизни. Если вы не можете договориться, вопрос места жительства детей будет решать суд (п.3 ст. 65 Семейного кодекса).
Поскольку дети маленькие, чтобы их передали отцу, суду нужно установить наличие исключительных обстоятельств, близких к основаниям лишения родительских прав (ст. 69 СК РФ).
Когда разъедетесь, можете подать иск об определении места жительства и порядка общения. Алименты можно взыскать раньше (для них раздельное проживание необязательно).
Обращайтесь, если у вас есть вопросы.
С уважением, Андрей Козырев