День добрый, Людмила.
В соответствии с Постановлением Правительства РФ №761 от 14.12.2005 г.
документы, подтверждающие доходы заявителя и членов его семьи, учитываемые при решении вопроса о предоставлении субсидии. Для подтверждения доходов индивидуального предпринимателя представляются документы, предусмотренные законодательством Российской Федерации о налогах и сборах для избранной им системы налогообложения
На основании ст.346.24 НК РФ налогоплательщики, применяющие УСН, обязаны вести учет доходов и расходов для целей исчисления налоговой базы по налогу в книге учета доходов и расходов организаций и индивидуальных предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения, форма и порядок заполнения которой утверждаются Минфином России.
Книга учета доходов и расходов организаций и индивидуальных предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения и Порядок ее заполнения утверждены приказом Минфина России от 22.10.2012 N 135н (далее — Приказ N 135н).
Таким образом, требования отдела субсидий законны, если Ваша система налогообложения предполагает ведение таких книг.