Здравствуйте! Вы можете написать заявление во время отпуска и направить работодателю заказным письмом с уведомлением и описью вложения. Но в соответствии с положениями трудового кодекса РФ, если Вы работаете на основании трудового договора,
Работник имеет право расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя в письменной форме не позднее чем за две недели, если иной срок не установлен настоящим Кодексомили иным федеральным законом. Течение указанного срока начинается на следующий день после получения работодателем заявления работника об увольнении.
Т.е. данный срок будет исчисляться с момента выхода на работу.
Кроме того, возможно вы подписывали соглашение о материальной ответственности. В таком случае недостача может быть взыскана с Вас через суд, если работодателю удастся доказать Вашу причастность к хищению.
Для обязания работодателя выплатить Вам отпускные и часть зар платы, Вы можете обратиться в прокуратуру и в суд. Прокуратура, скорее всего, направит Вас в суд, решать вопрос в рамках гражданского производства.
С Уважением.