Можно ли подать от имени юридического лица в Арбитражный суд города Москвы?

ст. 35 АПК РФ

Иск предъявляется в арбитражный суд субъекта Российской Федерации по месту нахождения или месту жительства ответчика.

ст. 37 АПК РФ

Подсудность, установленная статьями 35 и 36 настоящего Кодекса, может быть изменена по соглашению сторон до принятия арбитражным судом заявления к своему производству.

ст. 28 ГПК РФ

иск к организации предъявляется в суд по месту нахождения организации.

По смыслу положений ст. 48, 49 ГК  РФ приобретать от своего имени и осуществлять гражданские права и нести обязанности, быть истцом и ответчиком в суде может организация, признаваемая юридическим лицом.

В соответствии со ст. 55 ГК Российской Федерации представительство является обособленным подразделением юридического лица, правоспособностью юридического лица не обладает.

 
Из анализа правовых норм следует, что представительство организаций не являются юридическими лицами, не обладают процессуальной правоспособностью и дееспособностью, в связи с чем не могут быть ответчиками в суде.

Таким образом, вы должны подавать иск в Новосибирске

Добрый день Денис!

В соответствии с ч. 5 ст. 36 АПК РФ иск к юридическому лицу, вытекающий из деятельности его филиала, представительства, расположенных вне места нахождения юридического лица, может быть предъявлен в арбитражный суд по месту нахождения юридического лица или его филиала, представительства. Между тем у Вас определена уже договорная подсудность в соответствии со ст. 37 АПК РФ.

Учитывая изложенное, в суд по месту нахождения представительства фактически Вы иск предъявить можете (никто не вправе запретить Вам это сделать), но существует высокая вероятность того, что дело будет передано по подсудности в соответствии со ст. 39 АПК РФ.