Что закон трактует как "психофизическое воздействие на ребенка" конкретно?

3) родитель в заявлении указывает, что не было согласия о помощи со стороны соц.педагога, в то же время в школе хранится согласие родителя на психологическое сопровождение ребенка в течение этого учебного года.

Т.е. его утверждение не соответствует действительности,  имеется документ в виде согласия, соответственно ссылка на это  с его стороны необоснованна и может не учитываться.

 4) несет ли ответственность классный руководитель, если он ничего не сделал для урегулирования данного конфликта, а предложил родителю обратиться, минуя школу, сразу в прокуратуру? В должностной инструкции классного руководителя сказано: «обязан обеспечивать взаимодействие родителей и школы», «способствовать урегулированию конфликтов между школой и родителями».

Определенная мера ответственности, но рамках должностных полномочий,  все же может лежать и на классном руководителе в данной ситуации, он был обязан вмешаться и попытаться в рамках предоставленных ему должностными обязанностями полномочий которые Вы указали,  помочь разрешить ситуацию или сгладить ее а наоборот усугублять путем направления в прокуратуру, т.е. в отношении классного руководителя на мой взгляд необходимо также провести соответствующую служебную проверку, по результатам которой принимать решение о наличии в его действиях или бездействиях дисциплинарного проступка либо его отсутствия.

5) данный педагог является членом комиссии по урегулированию споров, следовательно на заседании комиссии он в составе комиссии не будет заседать, а будет присутствовать как приглашенное лицо. 

В соответствии с Федеральным законом от 29.12.2012 N 273-ФЗ

«Об образовании в Российской Федерации»

Статья 45. Защита прав обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся

6. Порядок создания, организации работы, принятия решений комиссией по урегулированию споров между участниками образовательных отношений и их исполнения устанавливается локальным нормативным актом, который принимается с учетом мнения советов обучающихся, советов родителей, а также представительных органов работников этой организации и (или) обучающихся в ней (при их наличии).

Согласно Вашему локальному акту, т.е. Положению о комиссии следует:

2.5. Сформированный состав Комиссии утверждается приказом по МБОУ «Бирюковская СОШ».

Т.е. его как члена комиссии нельзя определить как приглашенное лицо без принятия решения той же комиссией,  т.е. комиссии  необходимо принять решение вывести временно этого члена комиссии из состава при рассмотрении обращения родителя по ситуации озвученной Вами в вопросе, этим же решением определить его при рассмотрении обращения родителя как приглашенное лицо, т.е. нужно все это оформить надлежащим образом.

Но родитель требует, кроме того, чтобы из состава комиссии вывели еще одного родителя, с которым у него спор по поводу ее ребенка, но этот спор к данному заявлению не относится.Согласиться с доводами заявителя или отказать? 

Начнем с того, что родитель в рамках работы комиссии ничего требовать не вправе. его права заключаются в следующем согласно локальному акту т.е. Положению:

2.14. Лицо, направившее в Комиссию обращение, вправе присутствовать при рассмотрении этого обращения на заседании Комиссии. О дате проведения заседания Комиссии лицо оповещается за 3 рабочих дня.

Т.е. это подача обращения на рассмотрение Комиссии. и присутствие на заседании  Комиссии при рассмотрении его обращения, все, вмешиваться  в работу Комиссии, заявлять какие-либо требования он не вправе в ходе ее работы, по результатам заведения в случае несогласия с решением Комиссии, у него есть право по закону оспорить его в судебном порядке.