Нужно ли повторно платить гос.пошлину в данном случае?

Никита, добрый день!

Ваша ситуация регулируется следующей правовой нормой:

статья 333.40, «Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая)» от 05.08.2000 N 117-ФЗ (ред. от 01.05.2019) Статья 333.40. Основания и порядок возврата или зачета государственной пошлины
 
1. Уплаченная государственная пошлина подлежит возврату частично или полностью в случае:
5) отказа в выдаче паспорта гражданина Российской Федерации для выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию, удостоверяющего в случаях, предусмотренных законодательством, личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации и на территории Российской Федерации, проездного документа беженца;
3. Заявление о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины подается плательщиком государственной пошлины в орган (должностному лицу), уполномоченный совершать юридически значимые действия, за которые уплачена (взыскана) государственная пошлина.
К заявлению о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины прилагаются подлинные платежные документы в случае, если государственная пошлина подлежит возврату в полном размере, а в случае, если она подлежит возврату частично, — копии указанных платежных документов.
Решение о возврате плательщику излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины принимает орган (должностное лицо), осуществляющий действия, за которые уплачена (взыскана) государственная пошлина.
Возврат излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины осуществляется органом Федерального казначейства.
Заявление о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы.
Возврат излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины производится в течение одного месяца со дня подачи указанного заявления о возврате.
(в ред. Федерального закона от 27.07.2006 N 137-ФЗ)
(п. 3 в ред. Федерального закона от 31.12.2005 N 201-ФЗ)
6. Плательщик государственной пошлины имеет право на зачет излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины в счет суммы государственной пошлины, подлежащей уплате за совершение аналогичного действия.
Указанный зачет производится по заявлению плательщика, предъявленному в уполномоченный орган (должностному лицу), в который (к которому) он обращался за совершением юридически значимого действия. Заявление о зачете суммы излишне уплаченной (взысканной) государственной пошлины может быть подано в течение трех лет со дня принятия соответствующего решения суда о возврате государственной пошлины из бюджета или со дня уплаты этой суммы в бюджет. К заявлению о зачете суммы излишне уплаченной (взысканной) государственной пошлины прилагаются: решения, определения и справки судов, органов и (или) должностных лиц, осуществляющих действия, за которые уплачивается государственная пошлина, об обстоятельствах, являющихся основанием для полного возврата государственной пошлины, а также платежные поручения или квитанции с подлинной отметкой банка, подтверждающие уплату государственной пошлины.
7. Возврат или зачет излишне уплаченных (взысканных) сумм государственной пошлины производится в порядке, установленном главой 12 настоящего Кодекса.
8. Не подлежит возврату государственная пошлина, уплаченная за совершение действий по опробованию, анализу и клеймению ювелирных и других изделий из драгоценных металлов, в случае возврата таких изделий в неклейменом виде по основаниям, предусмотренным законодательством Российской Федерации.
(п. 8 введен Федеральным законом от 02.05.2015 N 112-ФЗ)

Учитывая пункт 5 части 1 ст. 333.40 НК РФ, Вы можете подать заявление о возврате госпошлины (часть 3), дождаться возврата и заплатить ее снова либо подать заявление о зачете суммы излишне уплаченной госпошлины (часть 6).

В Вашем случае наиболее оптимальным представляется второй вариант (зачет).

Надеюсь, эта информация поможет Вам сэкономить Ваши средства.

С уважением, Юрий