Добрый день!
Имеет значение, как вы будете реализовывать материнский капитал:
Брать ипотеку или переводить деньги напрямую продавцу.
Если первое, то тут всё зависит от банка, он вполне может отказать вам в выдаче ипотеки. Если второе, то законодательных ограничений на такое действие не имеется.
Согласно ст. 3 ФЗ О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей
Право на дополнительные меры государственной поддержки возникает при рождении (усыновлении) ребенка (детей), имеющего гражданство Российской Федерации, у следующих граждан Российской Федерации независимо от места их жительства
женщин, родивших (усыновивших) третьего ребенка или последующих детей начиная с 1 января 2007 года, если ранее они не воспользовались правом на дополнительные меры государственной поддержки
Долги по кредитам на ваше право никак не влияют.