Сейчас хочу присоединить этот арендованный участок 3 сотки (он поставлен на кадастровый учет) к своему

Отказать могут, если действительно из испрашиваемого «куска» можно сформировать самостоятельный участок (т.е. испрашиваемый участок по площади превышает минимально допустимые размеры). 

При этом (в законе такой нормы нет) существует практика, когда «тупиковый» кусок разрешают «прирезать» даже при несоблюдении каких-либо требований земельного законодательства (изломанность границ, несоответствие площадей и другие), так как действительно участок оказывается блокирован и кроме заявителя на него все равно никто никогда претендовать не сможет по причине отсутствия доступа и иных проблем.

Если отказ действительно буквально мотивирован тем, что испрашиваемый участок можно увеличить и сформировать самостоятельный — то он не соответствует закону, это странная трактовка п.п. 9 п. 9 ст. 39.29 ЗК РФ…

А Вы не пробовали рассмотреть вариант выкупа арендованного участка?

При этом учтите следующее. Фактически Вы просите не перераспределить, а объединить земельный участок, находящийся в частной собственности с земельным участком, находящимся в муниципальной собственности, в результате чего оба исходных земельных участка с различным правовым режимом прекратят свое существование ввиду образования нового, объединенного участка. Вместе с тем, правоотношения по объединению земельных участков регулируются не статьей 11.7 ЗК РФ, а статьей 11.6 Кодекса. В соответствии с указанной статьей при объединении смежных земельных участков образуется один земельный участок, и существование таких смежных земельных участков прекращается. При объединении земельных участков у собственника возникает право собственности на образуемый земельный участок. При объединении земельных участков, принадлежащих на праве собственности разным лицам, у таких лиц возникает право общей собственности на образуемые земельные участки.
Вместе с тем, земельное законодательство не предусматривает случаев предоставления земельных участков, при которых государство в лице уполномоченных на распоряжение земельными участками органов вступает в долевую собственность с гражданами в отношении таких участков.
Испрашиваемый Вами к перераспределению земельный участок сформирован, прошел постановку на государственный кадастровый учет, кому-либо в собственность не предоставлен, то есть является самостоятельным объектом гражданских прав. Предоставление такого земельного участка регламентируется положениями главы V.1, а не V.4 Земельного кодекса.

Уважаемый Дмитрий, здравствуйте!

Да, администрация имела право отказать Вам  в «прирезке» земельного участка (выкупе путем перераспределения), так как   в п.9 ст.39.29 Земельного кодекса РФ указано такое основание:

9. Уполномоченный орган принимает решение об отказе в заключении соглашения о перераспределении земельных участков при наличии хотя бы одного из следующих оснований:

9) образование земельного участка или земельных участков предусматривается путем перераспределения земельного участка, находящегося в частной собственности, и земель, из которых возможно образовать самостоятельный земельный участок без нарушения требований, предусмотренных статьей 11.9 настоящего Кодекса, за исключением случаев перераспределения земельных участков в соответствии с подпунктами 1 и 4 пункта 1 статьи 39.28 настоящего Кодекса;

Подпункты 1 и 4 пункта 1 ст.39.28 касаются  приведения границ земельных участков в соответствие с утвержденным проектом межевания территории и изъятия з/у под госнужды, т.е. это не Ваш случай.

Однако, чтобы убедиться,  Вам сначала нужно посмотреть правила землепользования и застройки в части территориальной зоны, в которой расположен з/у. Там указывается минимально разрешенная разрешенная площадь з/у. Если она составляет 3 сотки, то тогда администрация права, а если больше, например, 6 соток, то тогда отказ незаконен.

Но Вы можете выкупить его в порядке статьи 39.18 Земельного кодекса.

С уважением, Артемьев Роман

P.S. При возникновении других вопросов или необходимости в подготовке документов  - обращайтесь  в чат к юристу.