Уважаемый Алексей, здравствуйте!
Организация арендует нежилое помещение у единственного учредителя как у физ. лица и выступает его налоговым агентом.
Из этого следует, что физлицо не является ИП и уплачивает НДФЛ.
В таком случае обратимся к ст.211 Налогового кодекса, в которой перечислены виды доходов в натуральной форме, которые облагаются налогом:
2. К доходам, полученным налогоплательщиком в натуральной форме, в частности, относятся:
1) оплата (полностью или частично) за него организациями или индивидуальными предпринимателями товаров (работ, услуг) или имущественных прав, в том числе коммунальных услуг, питания, отдыха, обучения в интересах налогоплательщика;
1.1) полученные налогоплательщиком имущественные права при выходе из организации
2) полученные налогоплательщиком товары, выполненные в интересах налогоплательщика работы, оказанные в интересах налогоплательщика услуги на безвозмездной основе или с частичной оплатой;
Кроме того, по смыслу статьи 623 Гражданского кодекса РФ следует, что неотделимые улучшения арендованного имущества являются собственностью арендодателя, а также в ней указано, что:
2. В случае, когда арендатор произвел за счет собственных средств и с согласия арендодателя улучшения арендованного имущества, не отделимые без вреда для имущества, арендатор имеет право после прекращения договора на возмещение стоимости этих улучшений, если иное не предусмотрено договором аренды.
Так как у Вас в договоре указано, что ремонт за счет арендатора, то тогда произведенный ремонт налоговая может расценить как полученный арендодателем доход в натуральной форме.
Что касается организации, то она имеет право на учет расходов, как по аренде, так и по ремонту:
НК РФ Статья 346.16. Порядок определения расходов
1. При определении объекта налогообложения налогоплательщик уменьшает полученные доходы на следующие расходы:
3) расходы на ремонт основных средств (в том числе арендованных);
4) арендные (в том числе лизинговые) платежи за арендуемое (в том числе принятое в лизинг) имущество;
Однако нужно обратить внимание на размер арендной платы, так как поскольку арендодатель и арендатор — взаимозависимые лица, то налоговая вправе пересчитать этот размер по рыночным ценам, если он не соответствует их уровню.
Не будет ли налоговая иметь вопросов к учредителю,
Учитывая изложенное — может, поэтому Вам лучше включать расходы на ремонт в сумму арендной платы, например, распределить их в течение года, и лучше убрать из договора пункт о том, что арендатор производит ремонт за свой счет.
С уважением, Артемьев Роман
P.S. При возникновении других вопросов или необходимости в подготовке документов - обращайтесь в чат к юристу.