Как происходит уплата налогов по агентскому договору?

и сюда нельзя отнести 

ст. 251 НК?

1. При определении налоговой базы не учитываются следующие доходы: 9) в виде имущества(включая денежные средства), поступившего комиссионеру, агенту и (или) иному поверенному в связи с исполнением обязательств по договору комиссии, агентскому договору или другому аналогичному договору, а также в счет возмещения затрат, произведенных комиссионером, агентом и (или) иным поверенным за комитента, принципала и (или) иного доверителя, если такие затраты не подлежат включению в состав расходов комиссионера, агента и (или) иного поверенного в соответствии с условиями заключенных договоров. К указанным доходам не относится комиссионное, агентское или иное аналогичное вознаграждение; 

Алексей, Вы правы. Налог платится только с агентского вознаграждения.

ПИСЬМО МИНФИНА от 30 сентября 2013 г. N 03-11-06/2/40279):

В соответствии со ст. 1005 Гражданского кодекса Российской Федерации по агентскому договору одна сторона (агент) обязуется за вознаграждение совершать по поручению другой стороны (принципала) юридические и иные действия от своего имени, но за счет принципала либо от имени и за счет принципала. При этом принципал обязан уплатить агенту вознаграждение в размере и порядке, установленных в агентском договоре.Согласно п. 1.1 ст. 346.15 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) при применении организацией упрощенной системы налогообложения в составе доходов не учитываются доходы, предусмотренные ст. 251 Кодекса.На основании пп. 9 п. 1 ст. 251 Кодекса в составе доходов не учитываются доходы в виде имущества (включая денежные средства), поступившего комиссионеру, агенту и (или) иному поверенному в связи с исполнением обязательств по договору комиссии, агентскому договору или другому аналогичному договору, а также в счет возмещения затрат, произведенных комиссионером, агентом и (или) иным поверенным за комитента, принципала и (или) иного доверителя, если такие затраты не подлежат включению в состав расходов комиссионера, агента и (или) иного поверенного в соответствии с условиями заключенных договоров. К указанным доходам не относится комиссионное, агентское или иное аналогичное вознаграждение.Таким образом, при определении объекта налогообложения при исчислении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения, доходом организации-агента является сумма полученного агентского вознаграждения.