Как выкупить долю в квартире у дяди, если он требует слишком большую сумму?

Поставьте в суде вопрос о признании его доли малозначительной. Ст. 252 ГК РФ. Вам надо будет сделать официальную оценку доли и положить ее на счет управления судебного департамента и подать иск в суд.  

4. Выплата участнику долевой собственности остальными собственниками компенсации вместо выдела его доли в натуре допускается с его согласия. В случаях, когда доля собственника незначительна, не может быть реально выделена и он не имеет существенного интереса в использовании общего имущества, суд может и при отсутствии согласия этого собственника обязать остальных участников долевой собственности выплатить ему компенсацию

.

Анастасия, добрый день!
в Вашем сулчае возможно признать долю вашего дяди незначительной и заставить его принудительно продать за определенную сумму. 
Определение суммы доли зависит от некоторых факторов, но в любом случае проводится оценщиком, поэтому заранее определить стоимость выкупаемой доли пока трудно. 
По поводу долга — размер возникшего долга можно взыскать в судебном порядке, вместе с иском о принудительном выкупе. 
Готовы дать более подробную консультацию после ознакомления с документами.
Мы находимся в г. Екатеринбурге, поэтому при наличии возможности можем встретить и бесплатно дать алгорит решения вашей проблемы