Здравствуйте Алексей!
В соответствии с п. 17.1 ст. 217 Налогового кодекса РФ не подлежат налогообложению НДФЛ доходы, получаемые физическими лицами за соответствующий налоговый период от продажи объектов недвижимого имущества, а также долей в указанном имуществе с учетом особенностей, установленных ст. 217.1 Налогового кодекса РФ. Ст. 217.1 Налогового кодекса РФ установлен срок минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества, доходы от продажи которого освобождаются от налогообложения - пять лет.
Срок нахождения имущества в собственности продавца-налогоплательщика необходимо считать с даты регистрации права собственности на это имущество в соответствующем государственном реестре. См. письма Минфина России от 18.05.2012 N 03-04-05/9-651, от 18.05.2012 N 03-04-05/7-646, от 17.05.2012 N 03-04-05/7-635, от 13.02.2012 N 03-04-05/7-171.
То есть, в Вашем случае велика вероятность, что объединенный объект недвижимости ФНС будет рассматривать как вновь зарегистрированное имущество, хоть это и концептуально неправомерно. Однако, в любом случае, ситуация на мой взгляд спорная и может быть защищена Вами в судебном порядке.