Как действовать, если транспортная компания отказывается выплатить компенсацию за испорченный груз?

Здравствуйте, Олег! Страховая ссылается на то, что не все ИП на патенте могут не применять контрольно-кассовую технику:

2.1. Индивидуальные предприниматели, применяющие патентную систему налогообложения, за исключением индивидуальных предпринимателей, осуществляющих виды предпринимательской деятельности, установленные подпунктами 3, 6, 9 - 11, 18, 28, 32, 33, 37, 38, 40, 45 - 48, 53, 56, 63 пункта 2 статьи 346.43 Налогового кодекса Российской Федерации, могут осуществлять расчеты без применения контрольно-кассовой техники при условии выдачи (направления) покупателю (клиенту) документа, подтверждающего факт осуществления расчета между индивидуальным предпринимателем и покупателем (клиентом), содержащего наименование документа, его порядковый номер, реквизиты, установленные абзацами четвертым - двенадцатым пункта 1 статьи 4.7 настоящего Федерального закона.

Какой вид детельности у продавца Вы не указали, поэтому об обоснованности отказа говорить сложно. 

Но Вы вполне можете обжаловать в суд  такой отказ, поскольку страховая сама ссылается на Правила страхования и договор страхования, где указано на предоставление документа, подтверждающего стоимость груза, при этом не указано, какой это документ, в связи с чем Вы, как потребитель, не обладающий специальными познаниями, не можете иметь информацию о соблюдении продавцом требований законодательства.