После командировки ушел в отпуск, положены ли неиспользованные выходные и выплата за них?

Вы рапортом обратились или на словах?

Дополнительные сутки отдыха, компенсирующего военнослужащим участие в указанных мероприятиях, в счет основного и дополнительных отпусков не засчитываются и предоставляются в порядке и на условиях, которые определяются Положением о порядке прохождения военной службы. (п.3 ст.11 ФЗ-76)
Время привлечения военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, к мероприятиям, проводимым без ограничения общей продолжительности еженедельного служебного времени, учитывается в сутках. За каждые трое суток привлечения к названным мероприятиям указанному военнослужащему предоставляются двое суток отдыха, установленных пунктом 3 статьи 11 Федерального закона «О статусе военнослужащих» (из расчета распределения служебного времени и времени отдыха в одних сутках — 8 часов и 12 часов). Время отдыха, компенсирующее участие в данных мероприятиях, предоставляется военнослужащему, проходящему военную службу по контракту, как правило, по окончании этих мероприятий с учетом необходимости поддержания боевой готовности подразделения и интересов службы. (Приложение N 2 к Положению о порядке прохождения военной службыУказ  Президента 1237)

Военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, участвующим в мероприятиях, которые проводятся при необходимости без ограничения общей продолжительности еженедельного служебного времени, по их просьбе вместо предоставления дополнительных суток отдыха может выплачиваться денежная компенсация в размере денежного содержания за каждые положенные дополнительные сутки отдыха. Порядок и условия выплаты денежной компенсации устанавливаются руководителем федерального органа исполнительной власти или федерального государственного органа, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба.  (п.3 ст.11 ФЗ-76)