Дмитрий, здравствуйте!
Вывезти ребенка без Вашего ведома у неё точно не получится. Не могу гарантировать, что она в конечном счете не увезет его на ПМЖ (тут вопрос будет рассматриваться исходя из интересов ребенка).
Согласно Федеральному закону от 15.08.1996 N 114-ФЗ (ред. от 11.10.2018) «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»Статья 21
Статья 21. В случае, если один из родителей, усыновителей, опекунов или попечителей заявит о своем несогласии на выезд из Российской Федерации несовершеннолетнего гражданина Российской Федерации, вопрос о возможности его выезда из Российской Федерации разрешается в судебном порядке.
Вы можете обратиться с заявлением о запрете выезда ребенка в управление по вопросам миграции ОМВД России по Вашему району
Согласие второго родителя на выезд требуется, увы, не для всех стран.
г. Томск вроде всегда был на территории России, если Вы имеете ввиду другие государства тогда уточняйте! С уважением!